無菌袋物料的滅菌分為熱力滅菌和冷滅菌、綜合滅菌等。食品物料包裝的物料滅菌到目前為止主要是熱力滅菌，又分為低溫滅菌、高溫短時滅菌和超高溫短時滅菌。主要滅菌介質有過熱蒸汽、飽和蒸汽、干熱蒸汽、濕熱空氣等；物料的冷滅菌方法主要指紫外線滅菌、輻射滅菌、微波滅菌等。綜合滅菌是指兩種或兩種以上的滅菌方法同時使用，達到提高滅菌效果和縮短滅菌時間的目的。熱力滅菌的基本原理是建立在食品品質及營養成分不遭受破壞的溫度與微生物受熱死。
選擇食品滅菌溫度的主要依據是食品內的細菌種類和細菌含量、物料的pH值、熱敏性及易氧化性。食品中最值得關注的微生物是梭狀芽孢桿菌，在無氧環境中生長，它比使食物腐敗的普通細菌更受到重視，因肉毒芽孢引起的污染是致命的，又不顯示出危險的征兆，如腐敗的氣味和味道。相對來說，高酸度的食物不易受梭狀芽孢桿菌在內的微生物的污染。梭狀芽孢桿菌在pH值≤4．6的介質中不生長，兇此，pH值的大小也是決定物料滅菌溫度的主要因素。
采用換熱器在瞬間把物料加熱到接近100℃，然后速冷至室溫。此方法需時較短，效果較好，有利于產品保質，主要用于殺滅酵母菌、霉菌、乳酸菌等。酸性食品的pH值在3.7~4.5之間，食品中的致病菌不易生長，但腐敗菌可以生長，一般采用超高溫瞬時滅菌或高溫短時滅菌。對低酸性食品可通過加酸或發酵的方法使之轉化為酸性食品，從而降低滅菌要求，提高貨架壽命，此法用于處理食品中的番茄汁、乳酪等。
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